La historia de la iglesia está estrechamente ligada al poder político a través del patronato real que era el derecho perpetuo del estado español para intervenir en asuntos de América y que facultaba a las autoridades políticas españolas a cobrar un porcentaje correspondiente a la décima parte de los ingresos de una persona, los que debían ser entregados a la iglesia, y a esto se le llamaban diezmos, además podían presentar candidatos cargos eclesiásticos, a organizar la iglesia en América y a decidir sobre la construcción de la iglesia , conventos , monasterios y hospitales. Los reyes hispanos se preocuparon de enviar sacerdotes con la misión de evangelizar. Los sacerdotes fueron también exploradores etnógrafos, colonizadores y civilizadores, ya que la gran parte del conocimiento que tenían ellos y que tenemos hoy en día sobre los indígenas en el periodo colonial se debe a sus investigaciones y al interés de los religiosos por la lengua, leyes y costumbres de los aborígenes americanos, crearon escuelas para los indígenas, les enseñaron a leer y además a escribir, los principios de la fe. También divulgaron la cultura europea por toda América. Sacerdotes como Bartolomé de las casas lucharon mucho por la defensa de los nativos americanos abogando por sus derechos y denunciando los maltratos de los españoles hacia los nativos americanos. Por esa causa la corona española se preocupó de dictar nuevas leyes para favorecer y proteger a los nativos de América. Aunque esto no tuvo resultados efectivos para los indígenas americanos.
En el siglo XVI como a mediados de este mismo siglo comenzaron a llegar los primeros sacerdotes a chile, estos sacerdotes siempre han sido apoyados por la corona española, las distintas órdenes religiosas -dominicos, franciscanos, mercedarios, jesuitas y agustinos- tuvieron una gran influencia en la evangelización en chile. Chile se presentaba como una tierra de cruzadas cristianas por la fiereza y resistencia que oponían los aborígenes (nativos de América), especialmente los mapuches que no se dejaban someterse por las nuevas ideas importadas desde Europa por los españoles. Durante los siglos coloniales, los indígenas se fueron incorporando a la sociedad hispanocriolla a través de las prácticas y ceremonias religiosas, incluso formando parte de las instituciones eclesiásticas fue así que como por ejemplo en Santiago se formaron cofradías que se le llamaban así a las asociaciones de creyentes que veneraban a un santo patrono. Esto estaba formado por indígenas bautizados y otros grupos. Cómo la advocación del niño Jesús. Comprobar si realmente los indígenas se habían convertido fue una tarea muy pero muy difícil, puesto que ya haya sido por convencimientos o por coerción, los nativos estaban obligados a demostrar públicamente su nueva religión. La evangelización de los mapuches el primer obstáculo que tuvieron que enfrentar los sacerdotes era caminar mucho para llegar a una tribu y para eso tenían que atravesar por las selvas y los sacerdotes se exponían a ser devorados por los animales salvajes que habitaban en la selva además después de eso se exponían al comportamientos de los indígenas que evitaban en las tribus donde los sacerdotes querían evangelizar además la falta de recursos y el escasos número de clérigos para realizar su misión, sin embargo lo9s sacerdotes lograron llegar a los rincones más apartados de toda la Araucanía. Los sacerdotes se oponían a la guerra contra los indígenas señalando que era injusta y que los delitos y abusos que cometían los encomendaderos era la principal causa del alzamiento de los indígenas. A la zona de la Araucanía primero llegaron los misioneros franciscanos, pero quienes sobresalieron por su labor fueron los jesuitas, que arribaron a chile durante el año 1593, pese a la existencia de una línea de la frontera con los indígenas en el rio Biobío, los jesuitas aprendieron la lengua de los mapuches llamada mapudungun vivieron en rucas y vistieron ponchos para asemejarse a los indígenas.
La llegada del catolicismo a América tubo diversos impactos, por un lado muchos indígenas asumieron una actitud rebelde hacia las creencias forasteras y una resistencia activa, como es el caso de los mapuches quienes se negaron a abandonar sus creencias, en otros casos los nativos se sometieron a la evangelización principalmente aquellos encomendados en la zona central del país, finalmente estaban los indígenas quienes asumieron la religión en forma parcial manteniéndose sus creencias pero incorporándolas a los nuevos principios cristianos a esto se le denomina sincretismo religioso y fue la manifestación popular de mayor presencia en chile y en América.
El sincretismo cultural se le llama así al proceso en que dos sistemas culturales entran en contacto o se mezclan dando como resultado una nueva forma cultural con elementos de los dos sistemas que se involucraron. se puede apreciar en el aspecto religioso ya que los indígenas adoptaron la religión católica pero la enriquecieron con elementos estéticos, bailes y formas de cultos, mas ancestrales como lo podemos apreciar en nuestro país chile en homenaje a la virgen del Carmen de la tirana. En el sincretismo se adoptó el rito cristiano otorgándole un significado indígena, o bien el rito indígena se mantuvo dándole un significado cristiano, esta mezcla facilito el mantenimiento de una actitud de aceptación hacia el cristianismo junto con la pervivencia del culto a las divinidades de los indígenas, un ejemplo de lo anterior fue la incorporación de la cruz como objeto de culto por parte de las mapuches.
Durante la colonia el arte también se transformó en una muestra de sincretismo las obras artísticas difundieron la temática de la religión católica, impuestas bajo las ordenes de la corona española, teniendo un fin evangelizador. Así las imágenes religiosas se utilizaron con el fin de explicarles a los indígenas la vida de los santos y los valores morales que debían practicar, el estilos artístico que predomino en los siglos XVI y XVII fue el barroco desarrollándose el arte cultural en las ciudades más importantes de América como quito, lima, Cuzco y potosí, en chile la producción artística más importante se creó en la calera de tango y Chiloé.